La antigua iglesia anexionada al Convento Franciscano es ahora parroquia para los sanestebeños. La desamortización de Mendizábal de 1832 hizo cambiar la titularidad del templo a manos privadas hasta que, en 1849, el Ayuntamiento solicitó su cesión al propietario. Fue entonces adquirida por el obispado de Osma-Soria, y, tras su restauración se inaugura el 7 de junio de 1900. Pero no es hasta 1986 cuando todavía la iglesia de San Francisco se convierte en parroquial y cambia su advocación a la de San Esteban Protomártir. Las piedras de su campanario proceden de la desaparecida en 1922, antigua parroquia de la localidad, ubicada en la Plaza de San Esteban. En su interior, unos frescos franciscanos del siglo XVI, presbiterio y capilla sepulcral góticos, la imagen del Cristo de la Buena Dicha y la talla románica de la Virgen del Castillo.
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